Yusuf Nalkesen, 25 Aralık 1923’de altı kardeşin en küçüğü olarak Üsküp’ün İştip kasabasında bir Türk ailesinde dünyaya geldi. Yeni kurulan Türkiye Cumhuriyeti’nin dışında kaldıkları için gördükleri etnik baskılar sebebiyle Yusuf Nalkesen daha kundakta iken Türkiye’ye göç ettiler ve İzmir’e Kadifekale’ye yerleştiler. Annesi Hayriye hanımdır, babası bir nalbanttır. Bir süre sonra babasının ve abisinin aile mesleği olan nalbantlığın geçerli olabileceği İzmir’e en yakın olan Turgutlu’ya göçtüler. İlkokulu Turgutlu’da Cumhuriyet İlkokulunda okudu. Bu çağlarda müziğe ilgi duydu.1936 yılında ortaokula başladı. Okul üstün başarı ile bitince ardından sınavsız seçilerek Balıkesir Necati Bey Erkek Muallim Mektebine parasız yatılı olarak gitti.
Öğretmen olunca ilk görev yeri Ağrı’nın Tutak ilçesi oldu. Sonra Yedek Subay olarak İstanbul’da askerliğini yaptı.
Bu yaşa kadar sadece duyduğu müzikleri dinleyerek içine hapsetti. 1947- 48 yıllarında, eline tesadüfen bir eski ud geçti. Hiç kimseden ders almadan yığınla tel kopararak ud çalmaya çalıştı. Öyle zamanlar oldu ki, günlük çalışma süresi 8-10 saati buldu. Adım, adım basamak, basamak fakat azimle, güvenle büyük bir tutku ve inatla yolunda ilerledi. Bu çalışmaları sessiz sedasız 1951 yılına kadar evinin en kuytu yerinde ve kimseleri tedirgin, rahatsız etmeyecek biçimde sürdü gitti, kendi kendine ud çalmayı öğrendi.
1950 yılında Manisa’nın Demirci ilçesinde öğretmen olarak görev yaptığı sırada, 26 ağustos 1950 tarihinde eşi ile birlikte İzmir’de kayınvalidesinin evinde tatildelerken Demirci Kasabası yandı. Tabii bu yangında onların evi de yok olmuştu. Bu yangın nedeniyle Manisa ili emrinden İzmir ili emrine naklini istedi. 1951 yılında İzmir’e Kemalpaşa. Her günkü müzik çalışma süresi ve temposu artan bir hızla gelişerek ta İzmir merkezine alınana kadar eksilmeden sürdü. Artık önüne, konan en zor saz eserlerini bile çalabiliyordu.
1952 yılında İzmir Radyosu Saz Sanatçılığı sınavı açılmıştı. Girdi ve kazandı. Sabahları okula, öğlenden sonra da Radyoya gidiyordu. Öğretmenliği devam ederken radyodaki saz sanatçılığı da devam ediyordu, 1970 nisanında öğretmenlikten emekli oldu. bu tarihten sonra sanatçı sendikalarında daha faal bir rol oynamaya başladı. Bu yüzden TRT yönetimiyle de arası bozuldu ve 13 Ağustos 1973 günü İzmir Radyosunda işten çıkarıldı. İş mahkemesinde 23 yıl hizmet ettiği TRT’ye dava açtı ve kazandı. Maddi hak ve kıdem tazminatımı TRT’den icra yoluyla tahsil etti.
1985 yılında Kültür Bakanlığı, Devlet Klasik Türk Musikisi Korosunu kurunca 1995 yılına dek “Uzman Müzikolog” olarak görev yapmıştır.
Yıllar önce, 5 Eylül 1951 tarihinde yaptığı “Veda Busesi” bestesi büyük bir patlama yapar ve milyonların diline düşer. “Saymadım Kaç Yıl Oldu”, “İçimdesin”, “Söylemez mi Bestem?”, “Seninle Bir Sonbahar”, “Kimi Dertten İçermiş”, “Yalan Değil”, “Avuçlarımda Hala Sıcaklığın Var”, “Kapın Her Çaldıkça”, “Gitmek mi Zor?”, “Madem Küstün”, “Dargın Ayrılmayalım” ve “O Ağacın Altı” gibi sayısız unutulmaz şarkı besteler.
1998 yılında Kültür Bakanlığı’nca Devlet Sanatçısı unvanı verilmiştir. 583 bestesi ve 1000 civarında da güftesi vardır.
Yusuf Nalkesen, 10 ağustos 1948 tarihinde Meliha Nalkesen ile evlendi, Sırasıyla; İnci adında bir kızı, Süleyman adında bir oğlu, Ebru adında bir kızı daha, ve son olarak Selçuk adında bir oğlu daha oldu.
Yusuf Nalkesen, 1 Ocak 2003 tarihinde İzmir’de 80 yaşında hayata gözlerini kapadı